Você poderia entrar na FBL1N e filtrar todos os títulos com meios de pagamento Boleto. Em seguida fazer uma alteração em massa para atribuir o bloqueio de pagamento "A" para aqueles que não possuem código de barras. Daí nenhum título será considerado no programa de pagamento.
Se você quiser automatizar esse processo, crie uma regra de substituição com prerrequisito:
BSEG-ESRRE = "" and BSEG-ESRNR = "" and BSEG-ESRPZ = "".
Substituição:
BSEG-ZLSPR = "A".
Dessa forma se o Barcode estiver em branco os títulos não serão enviados na remessa bancária.
Att.